A Federação Goiana de Desporto Escolar (FGDE) foi fundada no dia 02 de junho de 2002 e é filiada à Confederação Brasileira de Desporto Escolar (CBDE) desde a fundação. Criada a partir do desejo dos professores dos colégios Classe, Prevest e Marista em defender os interesses das instituições privadas de ensino após a exclusão das mesmas dos Jogos Estudantis do Estado de Goiás (JEEGs) no ano 2000, tendo como primeiro presidente o Prof. Ivano Gomes (diretor do Colégio Classe a época). Já em 2003 a Federação, juntamente à Secretaria de Esportes do estado, sedia o 1° Mundial Escolar de Basquete.

Em 2007, em parceria com os sindicatos das instituições de ensino de Goiânia (SEPE e SINEPE) assume uma nova gestão, liderada por Alexandre José Leal Umbelino de Souza e Krishnaaor Ávila Sréglio. Durante esta gestão o estado de Goiás envia representantes para os Campeonatos Escolares Brasileiros de Voleibol ( Colégio Classe) e Basquetebol (CEPMG Dr. César Toledo), além de fidelizar mais de 90 Instituições de Ensino e começar a abertura para a participação de Escolas Públicas em seus eventos, consolidada em 2009, diante parceria com a Secretaria de Educação (SEDUC), onde a Federação passa a Chancelar o JEEGs, com a indicação das equipes campeãs para a disputa dos Jogos Escolares Brasileiros (JEBs).

Em 2018, buscando se manter atualizada, a FGDE muda sua identidade visual, mantendo transmitir os mesmos valores que são integrais à organização desde sua fundação, mas com uma roupagem mais nova e atrativa para o meio digital que ganhava uma força exponencial naquele momento, sendo um espaço indispensável de ser ocupado nos dias atuais.

A FGDE, desde sua fundação, visa incentivar a educação, a saúde e o lazer das crianças e adolescentes do estado de Goiás, através da promoção da integração de atividades física e desportivas no ambiente escolar, a fim de contribuir para a formação de cidadãos críticos e participativos. Tudo é feito, pensando na valorização e no trabalho em equipe, acreditando que em conjunto outras entidades de administração esportiva, é possível buscar a construção de um planejamento com metas e objetivos a curto, médio e longo prazo, criando um ambiente sustentável.